科技日?qǐng)?bào)記者 張佳欣
美國(guó)邁阿密大學(xué)羅森斯蒂爾海洋、大氣與地球科學(xué)學(xué)院的科學(xué)家開(kāi)發(fā)出一種創(chuàng)新性生物信息工具BEREN，利用高性能計(jì)算機(jī)，在海洋宏基因組數(shù)據(jù)集中識(shí)別出230種新型巨型病毒，并對(duì)其功能進(jìn)行了表征。研究成果發(fā)表于最新一期《NPJ病毒》期刊上。
巨型病毒在單細(xì)胞海洋生物，即原生生物的生存中發(fā)揮著重要作用。原生生物包括藻類(lèi)、變形蟲(chóng)和鞭毛蟲(chóng)等，它們構(gòu)成了海洋食物網(wǎng)的基礎(chǔ)。由于這些原生生物是食物鏈的重要組成部分，因此，一些大型DNA病毒往往會(huì)引發(fā)有害藻華暴發(fā)等危害，影響人類(lèi)健康。
此前，因生物信息學(xué)流程局限，巨型病毒長(zhǎng)期未被充分檢測(cè)。此次，團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一種名為BEREN（從環(huán)境宏基因組中恢復(fù)真核病毒的生物信息工具）的新工具，能從龐大的公共DNA測(cè)序數(shù)據(jù)集中高效識(shí)別巨型病毒基因組。他們利用邁阿密大學(xué)的“飛馬座”超級(jí)計(jì)算機(jī)處理并組裝了大量宏基因組，重建了數(shù)百個(gè)微生物群落數(shù)據(jù)集。
團(tuán)隊(duì)還發(fā)現(xiàn)，這些巨型病毒基因組中包含530種新功能性蛋白質(zhì)，其中9種參與光合作用，表明其可能在感染過(guò)程中操縱宿主及其光合作用過(guò)程。
這項(xiàng)研究通過(guò)改進(jìn)現(xiàn)有工具，建立了檢測(cè)新型病毒的新框架，未來(lái)有助于檢測(cè)水道中的污染物和病原體。
